各有各的优势和劣势。
齐齐哈尔医学院是一所综合性的医学院校，学校的历史可以追溯到1946年创建的黑龙江军医学校，距今已有77年的办学历史。
而牡丹江医学院是一所历史悠久的老牌医学院校，学校的历史可以追溯到1958年创建的黑龙江省卫生干部进修学校，距今有64年的历史。
从学科建设来看，牡丹江医学院的实力更强，硕士点已经有好几年的历史，7个一级学科硕士点要比齐医要多；在历史沿革上，齐齐齐哈尔医学院更有历史底蕴。不过，两所院校还是属于同一层次的院校，差距并不大。
近些年，齐齐哈尔医学院的考研率都要高于牡丹江医学院，每年考到名校的研究生数量很多，而且齐齐哈尔医学院也已经有了硕士点，这2年新的硕士点也已经在审批了。从未来的发展前景看，齐齐哈尔医学院更有潜力。
如果对医学影像学有兴趣的考生，以报考牡丹江医学院为主，毕竟毕业生在黑龙江已经积累了大量的口碑；如果对考研、其他医学学科有更多想法的，以报考齐齐哈尔医学院为主。
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