安徽中医药大学是本科院校，但中医药科学院不是，是科研机构。安徽中医药大学是安徽省属本科高等院校，是安徽省中医药高等教育、医疗、科研的中心和主要基地。其前身为1952年创立的安徽省中医进修学校。
1959年，安徽省委正式批准成立安徽中医学院。
1970年，被并入安徽医学院。
1975年，教育部批准恢复安徽中医学院。
2000年，安徽省医药学校并入安徽中医学院。
2011年，安徽省政府批准在安徽中医学院的基础上组建成立安徽省中医药科学院。
2013年，经教育部批准更名为安徽中医药大学。
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