上海交通大学医学院不是军队医学院，也不是军队医院。
1952年，全国高等学校院系调整，将几所医学院合并成立上海第二医学院。
1985年更名上海第二医科大学。
1997年，学校通过了“211工程”立项。
2005年7月18日，上海交通大学与上海第二医科大学合并，成立了由教育部、上海市政府重点共建的上海交通大学医学院，进入“985工程”高校行列。
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