2004年，教育部正式批准更名为菏泽学院。到2021年，菏泽学院成立了有17年了。
菏泽学院的前身是创建于1949年的冀鲁豫区第二师范学校，历史上曾更名为平原省立菏泽师范学校、山东省菏泽第一师范学校、菏泽师范专科学校。
2002年，菏泽师范专科学校、菏泽教育学院、菏泽广播电视大学3所学校合并，同时并入菏泽师范学校、菏泽农业学校，筹建菏泽学院。
2004年，教育部正式批准更名为菏泽学院。
2011年，单县幼儿师范学校、郓城幼儿师范学校并入菏泽学院。
2017年，学校成为省级硕士培育建设单位。
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