部分校区在市中心。东京大学一共有十五个校区，数量是十分惊人的。
本乡总校区：东京都文京区40.27公顷
浅野校区：东京都文京区4.37公顷
弥生校区：东京都文京区11.28公顷
理学系研究科附属植物园：东京都文京区16.08公顷
驹场校区：东京都目黑区35.20公顷
教育学部附属中等教育学校、海洋研究所：东京都中野区4.87公顷
白金校区：东京都港区7.2公顷
农学生命科学研究科附属农场：东京都西东京市31.36公顷
三鹰校区：东京都三鹰市6.88公顷
农学生命研究科附属牧场：茨城县西茨城郡36.12公顷
物性研究所、宇宙线研究所、新领域创成科学研究科：千叶县柏市23.75公顷
检见川校区：千叶县千叶市32.3公顷
农学生命科学研究科附属农场二宫果树园：神奈川县中郡3.93公顷
医科学研究所附属奄美病害动物研究设施：鹿儿岛县大岛郡0.88公顷
农学生命科学研究科附属爱知演习林：爱知县濑户市1264.63公顷
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