吉首大学创办于1958年9月，是办在湘鄂渝黔四省(市)边区的具有地方性、民族性的湖南省属综合性大学，由吉首校区和张家界校区组成，本部在湘西土家族苗族自治州首府—吉首市。
1958年建校， 1960年，湖南高校调整，吉首大学改为师专，保留校名。
1978年8月，国务院批准吉首大学改建为省属综合性大学。
1979年学校开始招收本科学生。
2000年8月，原吉首卫生学校并入吉首大学，组建医学院。
2002年10月，原张家界市武陵高等专科学校并入吉首大学，即现在的张家界校区。
2003年，学校成为硕士学位授予权单位。
2006年6月，湘西州人民医院并入吉首大学，成为学校第一附属医院。
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