佳木斯大学是1995年6月27日，经原国家教委批准，由佳木斯医学院、佳木斯工学院、佳木斯师范专科学校和原佳木斯大学四所学校合并组成。
1996年11月21日，佳木斯大学正式挂牌启动。
2000年5月、2003年5月、12月佳木斯市粮食干校、富锦师范学校、黑龙江省理工学校相继并入。
学生由以专科为主发展到以本科为主，生源由主要来自本省发展到来自全国30个省（市）、自治区。学校把合校前隶属关系不同、学科专业设置不同的四所院校整合为21个学院，2个直属系，75个本专科专业。专业设置覆盖了文学、理学、工学、医学、农学、法学、经济学、教育学、历史学、管理学、十大学科门类。其中有省及重点学科4个、省及重点专业6个、省及重点课程12门、国家高职高专教学示范试点专业1个、省及重点实验室1个。
佳木斯大学最好最知名的学院当属药学院以及医学院，而且这些都是一表专业（具体来说就是临床和口腔）。
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