北京中医药大学设有中医学院、中药学院、生命科学学院、针灸推拿学院、管理学院、护理学院等招生机构。
中医学院：中医学专业（七年制科研方向、七年制中西医结合方向、七年制中医骨伤方向、七年制中医临床方向、五年制）。
中药学院：本科生教育有中药学专业(中药方向；中药资源方向；中药分析方向）和制药工程专业（中药制药方向；生物制药方向）两个专业五个方向。
针灸推拿学院：针灸推拿学（五年制）、中医学(针灸推拿方向)、中医学(对外交流方向)、中医学(针推康复方向)。
护理学院：护理学专业。
管理学院：下设卫生管理系、工商管理系两个系，现有公共事业管理、工商管理、信息管理与信息系统、健康管理等4个本专科专业。
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