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兰州交通大学交通运输学院的前身是兰州铁道学院铁道运输系，成立于我校1958年建校之时，是我校最早建立的5个系之一。
1958年，在北京铁道学院（现北京交通大学）运输系主任、我国铁道运输专业的奠基者与创始人之一、著名运输专家林达美教授的带领下，由北京铁道学院部分教师成建制迁兰组建而成，并于当年招收了首届铁道运输专业本科生60人。
1988年以后，先后增设了包装工程、工业企业管理、会计学等专业。
1995年，学校成立经济系，将本系的经济管理类教师和学科划归经济系。
2003年，学校进行二级学院整合，运输系正式更名为交通运输学院。
2012年被授予甘肃省园丁奖先进集体。学院2004年主办第三届信息和管理科学国际会议，2012年主办第三届绿色智能交通系统与安全国际学术会议，2017年主办第九届计算交通科学国际研讨会。
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