全国重点院校的由来，要追溯到上世纪50―60年代。
1959年，当时国家下发的有关文件中将中国人民大学、北京大学、清华大学、中国科技大学等20所高校确定为全国重点大学。到1960年又增加了44所大学为重点大学。
1978年，国务院确定北京大学、清华大学等88所大学为全国重点大学。上世纪末，经过高校管理体制的调整，我国高校形成了中央和省级政府两级管理，以省级政府统筹管理为主的新体制。
除少数关系国家发展全局的高校以及行业特殊性强的高校继续由国务院委托教育部和其他少数部门管理外，多数高校由地方管理或以地方管理为主。而“全国重点大学”的提法政府官方也不再使用。建国以来国家历次所确定的重点大学多为教育部直属高校。
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