南通大学分四个校区:启秀校区、钟秀校区、文峰校区、啬园校区。
啬园校区：文学院、理学院、、商学院、外国语学院、化学化工学院、机械工程学院、电子信息学院、电气工程学院、计算机科学与技术学院、建筑工程学院、纺织服装学院、地理科学学院；
钟秀校区：教育科学学院、生命科学学院、体育科学学院、地理科学学院、艺术学院、杏林学院；
文峰校区：公共卫生学院、地理科学学院、理学院、法政与管理学院；
启秀校区：护理学院、医学院。南通大学设有20个学院、1个独立学院（杏林学院）、1家直属大型综合三级甲等医院（南通大学附属医院）和国际教育学院、继续教育学院。拥有基础医学、临床医学、信息与通信工程3个博士后流动站，基础医学、临床医学、信息与通信工程3个一级学科博士点。
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