区别如下：
聘用方式：高校员额制一般由各省份实施，人事任免权下放到学校后，每年按高校的岗位数量进行拨款，学校根据自身需要聘用教职员工。正式在编人员一般由政府直接向学校拨款，由政府人事部门统一管理。
待遇：高校员额制与正式在编人员的待遇有一定的差别。高校员额制实行聘期考核，聘期一般为三年或五年，聘期内按照事业单位工资标准进行发放，聘期结束后，需要进行考核，根据考核结果决定是否续聘或解聘。正式在编人员的工资和福利待遇一般较高，且享有稳定的职业保障。
编制：高校员额制属于编制外聘用，不占用编制。正式在编人员属于编制内聘用，占用编制。
综上所述，高校员额制和正式在编人员在聘用方式、待遇和编制方面存在一定的差异。
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