安徽医科大学和蚌埠医学院在院校历史、专业设置等各有优势，如果您倾向于选择有较长历史、丰富科研经验和综合实力强的学校，同时希望在学科方面有较多选择，可以选择安徽医科大学的公共卫生或者临床医学专业。
如果您更倾向于选择有特色培养模式和相对集中的教学资源，同时希望在实践教育基地进行学习，可以选择蚌埠医学院的临床医学专业。
详细对比如下：
1.院校历史：安徽医科大学的前身为1926年创立的东南医科大学，历史悠久，经历过多次变迁，具有丰富的科研经验和学术积累。蚌埠医学院创立于1958年，历史相对较短，但以其独特的教学风格和创新精神逐步发展。
2.地理位置：两校均位于安徽省，安徽医科大学位于省会合肥市，城市资源丰富，交通便利；蚌埠医学院位于蚌埠市，环境宜人，有较好的学习氛围。
3.特色专业与优势学科：安徽医科大学的公共卫生学院入选教育部高水平公共卫生学院，临床医学等专业优势明显。蚌埠医学院则是国家首批临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点高校，临床医学专业具有一定特色。
4.科研实力：安徽医科大学设有博士后科研流动站4个，博士学位授权一级学科4个，博士学位授权二级学科45个，科研实力较强。蚌埠医学院则设有7个一级学科硕士学位授权点，科研实力相对较弱，但与暨南大学、陆军军医大学有博士研究生联合培养项目，可以为学生提供更广阔的科研学习平台。
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