食品科学技术学院成立于2005年1月，是河南农业大学重点建设的学院之一。
1994年11月，学校进行专业调整，撤系建院，成立生物工程学院。
2001年12月，撤销生物工程学院，成立生物技术与食品科学学院和植物保护学院。
2005年1月，学校根据专业发展的需要，成立食品科学技术学院。
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