温州大学最好的专业包括：
化学专业：是温州大学的王牌专业之一，拥有省级一流本科专业建设点和省级重点学科。
生物科学专业：是国家级特色专业和省级重点专业。
机械工程专业：是省级一流本科专业建设点和省级重点学科。
电气工程及其自动化专业：是省级一流本科专业建设点和省级重点学科。
网络工程专业：是省级一流本科专业建设点。
工业工程专业：是省级重点学科。
金融工程专业：是省级特色专业。
国际经济与贸易专业：是省级特色专业。
此外，温州大学还有其他一些优势专业，如小学教育、汉语言文学、化学、生物科学、机械工程、电气工程及其自动化、网络工程、工业工程、金融工程、国际经济与贸易等。
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