评选名额有限
同一地区受经济条件等其他因素影响，能支持985高校建设的数量相对有限。而且，985工程的评选名额有限，东北地区已经有5所985高校，即使哈尔滨工程大学是部属高校，也很难再度被评选为985高校。
2、发展速度慢，综合实力有所降低
虽然哈尔滨工程大学办学历史悠久，船舶与海洋工程专业实力强，但它的发展速度较慢。并且，在高校改革的过程中，哈尔滨工程大学被迫将军工研究部分拆开，只保留了船舶类的优势专业，综合实力有所下降。后期发展势力不足，使得它没有被评选入“985工程”的行列
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