1.办学性质不同
锦州医科大学是公办大学，按公办学校的标准收费；锦州医科大学医疗学院是民办性质的独立学院，按民办学校的标准收费。
2.录取分数不同
锦州医科大学和锦州医科大学医疗学院都属于二本院校，但录取分数不同，以学校所在的辽宁省2020年理科普通类招生为例，前者要比后者高70多分。
3.教育资源共享
锦州医科大学医疗学院虽然是独立学院，但学院仍能共享锦州医科大学的师资队伍和教育资源。
锦州医科大学医疗学院虽是独立学院，但其学制跟公立医学院的学制是类似的，学习年限为4-7年，学历和毕业证也都是国家承认的。
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