学部和学院的区别在于级别、规模等上的不同。学部制是超越学院层次的一种开放式跨学科组织。综合性大学里，学科相近的不同学院被整合在一起，形成“学部”。学院包含两层意思，第一种是比大学规模较小的高校，第二种是在大学中设置的二级学院，学院一般包含多个相近的学科专业或学系。
系是高学校按照专业性质设置教学行政组织。级别上一般低于学院，一个系一般设一个或几个性质相近的专业。一般两至三个系组成一个学院。
一般来说，在规模上呈现学部大于学院大于系的情形。
还有中外高校设置不同，学部制起源于欧洲，逐渐形成类似大学——学部——系——研究所的高校学术组织架构。在中国，大陆学校中少有设置学部的情况，多为大学——学院(直属系)——系——实验室的学术组织架构。
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