清末/京师大学堂时期
1898年6月，光绪帝颁布《明定国是诏》推行“戊戌变法”，诏书中强调“京师大学堂为各行省之倡，尤应首先举办”。
1898年7月3日，光绪帝批准了由梁启超代为起草的《奏拟京师大学堂章程》，正式创办京师大学堂，并任命吏部尚书、协办大学士孙家鼐为首任管理大学堂事务大臣（管学大臣）。随后，孙家鼐任命许景澄为中学总教习，美国传教士丁韪良为西学总教习。
9月21日，慈禧太后与守旧派发动戊戌政变，百日维新失败。但是，京师大学堂得以保留。
京师大学堂是当时中国最高学府和最高教育行政机关，因此很多学者（如胡适、冯友兰、季羡林等）认为，北京大学是中国历代太学（国子监、国子学）的继承者，是古代最高学府在现代的延续，甚至认为北大校史应从汉朝太学算起；另一方面，北大又是中国近代正式设立的第一所大学，是中国近现代高等教育划时代的开创者，故有“上承太学正统，下立大学祖庭”之说。
1900年，义和团运动爆发，京师大学堂遭到破坏。
1900年8月3日，清廷下令停办京师大学堂。八国联军打入北京后，京师大学堂遭受破坏。
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