南京大学要好一些，
吉林大学地理位置不好，长春地处北疆，经济也远不如长三角地区的南京发达。将来就业显然不如南京有利。
学校的知名度，南京大学完胜吉大，吉大虽然是985院校，但其实就是原吉林大学合并了长春科技大、白求恩医科大学、长春邮电学院等一大帮子普通院校而成的。虽然综合排名较高，但学校的专业情况是大而不专，除了车辆工程等个别专业外，大多数专业实力平平。相比较而言，南京大学追求的是精英教育，凡是开设的学科专业实力都还是比较好的，所有知名度更高。
专业实力方面，吉林大学有地质工程国家重点学科，南京大学有地质学国家重点学科。吉大更偏重于工程应用，南大更偏重于理论科研方面，实力相当。
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