曾经的菏泽师专的前身是诞生在战火纷飞的解放战争时期的冀鲁豫区第二师范学校，1949年初改称菏泽第一师范学校。
1958年7月根据山东省人民政府的决定，更名为菏泽师范专科学校;
1978年经国务院批准为普通高等专科学校;
2002年1月，经山东省人民政府批准，菏泽师专、菏泽教育学院、菏泽广播电视大学、菏泽农校、菏泽师范学校等五校合并，成立新的菏泽师专，并以此为基础筹建菏泽学院。
2004年5月17日，经教育部批准，菏泽师专改建为菏泽学院。
菏泽学院位于位于驰誉中外的牡丹之乡--山东省菏泽市的北郊，处在建设中的7000亩大学文化城的中心，是鲁西南地区唯一的一所综合性普通本科院校。
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