京都大学前身是1869年5月建立的第三高等学校。
1897年利用甲午战争的中国赔款，高校的法学部及工学部组成京都帝国大学，高校改设大学预科。同年设置理工科大学。
1899年设置法科大学以及医科大学。
1906年设置文科大学。(帝国大学不设学院，下设分科大学)大约20年后这些分科大学改称学部(学院之意)。
在第二次世界大战后的学制改革中，第三高等学校剩余的部分(大学预科)并入京都大学。
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