国内目前大概有60多所学校有日语语言文学硕士授予权，其中有日语语言文学博士授予权的主要有北大，北外，北外日研中心，上外，吉大，东北师大，广外。所以想搞研究最好选有博士点的学校，其中当然以北外，上外最好，师资力量强，地理位置好，资源相对更为丰富。
像大外天外川外要低一档，它们也好在是专业外语院校，但学校综合实力名声之类明显不够大，它们招的人较多，尤其是大外号称世界最大的日语培训基地，大外的日语本科生和硕士生数量是中国最多的。
不选择这样的外语院校而选择综合类院校的日语系读也是相当好的，但是名校比较难考，特别是北大南大南开复旦之类的，它们本身招的人少，实力都很强。
搞研究的话主要也就语言，文学，文化等方向，这块儿最好的还是北京日研中心，考不上北外的话可以考虑北二外，北语等在北京的学校，它们日语专业实力也不错。
读日语目前来看还是在北京上海及东北比较有前途，所以应优先考虑这三地的学校。
去综合类学校眼界或许更宽些，外语类学校或许更专业对口些。
差不多的学校就不要再非扣个高低了，像题主说的北外上外都非常好，日语专业都很强，它们研究生复试排名基本只看初试专业课的。
大外虽比它们差点，但也有自己的优势，说到底要看个人的，不是一进好学校就自然厉害了。要想详细更了解中国各学校日语专业的话，可以推荐你一本书，中国日语教育概览1，天外修刚校长主编的，基本介绍了主要的开设日语专业的院校，不过还不全。
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