区别不大，清华本身的医学部并不是特别好，协和的医学系都是八年制的，本硕博连读，但是两者都是通过清华系统招生，协和的分数线要高一点。
京协和医学院共有两个本科招生专业，一个是临床医学，另一个是护理学。临床医学纳入清华招生，在报考的时候应该填报清华大学的“临床医学（八年制）”专业。
护理学专业由北京协和医学院招生，在报考的时候应该填报北京协和医学院。这就是说，要想报考北京协和医学院的临床医学（八年制），就是要报考清华大学。原来两者都是独立办学的，但由于种种原因，中国协和医科大学未能纳入985或211工程的重点建设序列；
2006年9月，中国协和医科大学与清华大学实行紧密合作办学，可同时使用“北京协和医学院--清华大学医学部”作为第二名称，学校仍为独立法人单位，并进入“211”和“985”工程建设行列。
2017年9月，北京协和医学院进入一流学科建设单位的行列，有生物学、生物医学工程、临床医学、药学4个学科列入重点建设行列。但目前临床医科的本科生还是由清华大学代招。
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