目前中山大学要比南开大学实力略胜一筹，
校友会对国内高校综合实力的排名中，中山大学位于国内第九名，南开大学位于国内第14位。
世界三大高校排名机构QS高校排名中，中山大学位于国内十一名，南开大学位于国内十三名。
南开大学由于底蕴深厚，目前理科分数线还是比较高的，南开大学位于十三名，中山大学位于第十八名。
从第四次学科评估结果来看，中山大学的表现要优于南开大学，中山大学有2个A+学科，2个A类学科，10个A–学科;南开大学没有A+学科，5个A类学科，9个A—学科。
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