在南京的985大学有南京大学和东南大学。
南京大学（Nanjing University），简称“南大”，位于江苏省南京市，是中华人民共和国教育部直属的全国重点大学，位列国家“双一流”、“985工程”、“211工程”重点建设高校。南京大学历史悠久，其前身是创建于1902年的三江师范学堂，历经多次更名和合并，于1950年正式定名为南京大学。学校拥有仙林、鼓楼、浦口、苏州四个校区，设有31个直属院系，开设88个本科专业；有博士后科研流动站38个，博士学位授权一级学科点40个，博士学位授权二级学科点（不含一级学科覆盖点）1个，硕士学位授权一级学科点4个，硕士学位授权二级学科点（不含一级学科覆盖点）28个，专业博士学位授权点3个，专业硕士学位授权点28个；有教职工4722人，其中专任教师2170人；普通本科在校生13350人，硕士研究生16081人，博士研究生7774人，留学生1444人。
东南大学（Southeast University），简称“东大”，位于江苏省南京市，是中华人民共和国教育部直属的全国重点大学，位列国家“双一流”A类、“985工程”、“211工程”重点建设高校。东南大学起源于1902年创办的三江师范学堂，后历经国立中央大学、国立南京大学等历史时期，1952年全国高校院系调整，以原国立中央大学工学院为主体，先后并入复旦大学、交通大学、浙江大学等有关系科，在国立中央大学本部原址上建立南京工学院。1988年5月，学校复更名为东南大学。2000年4月，原东南大学、南京铁道医学院、南京交通高等专科学校合并，南京地质学校并入，组建新的东南大学。东南大学建有四牌楼、九龙湖、丁家桥等校区，总占地面积5888亩；设有34个院系，开设87个本科专业；拥有39个博士学位一级学科授权点、50个硕士学位一级学科授权点、12个学科入选“双一流”建设名单、12个一级学科国家重点学科、16个二级学科国家重点学科、10个江苏省重点一级学科、30个博士后科研流动站；有专任教师3211人，其中博士生导师1287人，硕士生导师2422人，两院院士16人；有全日制在校生36628人，其中本科生16521人，研究生20107人。
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