二级学院一般是学校以专业进行划分归类形成的次于大学的教学管理单位，是大学实行的校、院两级管理模式中的第二级（学院制），因此称为二级学院，学院或系是构成大学的最基本的教学和行政单位。
二级学院分为两种不同类型。一是指普通高等学校中，由高校统一管理的二级教学单位，不具备自主招生资格和颁发文凭资格；二是指普通高等学校设立，但以民办机制进行运作和管理的独立二级学院，即独立学院。
二级学院不等于独立学院，也不相当于独立的一级学院，因为以学院二字为后缀名的院校部下的任意一个学院都是二级学院差别于学校名。大学下设的部、院、系，是学校的有机单元，由大学统一管理。二级学院由公立大学创设，以民营体制进行运行与管理，它依靠于公立大学，又不完全相当于大学的院系部，在待遇方面，二级学院的学生和其它普通本科院校的学生是同样的。而独立二级学院虽由公立大学设立，但以民办机制进行运作和管理，其经营管理模式介于公立大学和民办大学之间，有别于大学下设的二级学院。
1、级别不同
系是一个开放的跨学科组织，超越了学院层面。在一所综合性大学中，具有相似学科的不同学院被合并成一个“系”。大学中设置的系科，一般情况下级别低于学院，由一个或几个性质相近的专业组成，由两至三个系组成一个学院。大学内也有规模较大与学院平级的直属系。
大学中设置的二级学院，与系科一样是大学内设单位，包含多个相近的学科专业或学系，拥有相对独立的文化特征和管理权责。
2、规模不同
在规模上，学院总体来说大于系科（从专业设置数量、学院师生人数，到设备设施和建筑占地面积上）。学系达到一定规模才可以从系科升级为二级学院。一般来说，在规模上呈现学部 > 学院 > 系的情况。
3、功能及承担的任务不同
大学的系科主要承担组织教学和人才培养，具体科研项目及实验室建设等任务。当系升级为二级学院后，以学院为主体，其所具有的功能和承担的任务都有了更大的外延。扩展到高层次人才培养、学科建设、科学研究及科技开发等领域，并因涵盖领域的扩大，不断形成交叉学科、边缘学科、新兴学科，通过创新学科，促进社会和经济发展。进一步的，学院的社会服务功能日益显著，实现社会化办学，加速高科技应用型人才的培养和科研成果向生产力转化。
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