2022年南京市最好的本科高校是南京大学，南京市本科大学排名前三的分别为南京大学、东南大学、南京航空航天大学。
1、南京大学
南京大学（Nanjing University），简称“南大”，是教育部直属的重点综合性大学。是国家“双一流”建设高校、国家级双创示范基地、九校联盟、中国大学校长联谊会、环太平洋大学联盟、21世纪学术联盟、国际应用科技开发协作网、东亚研究型大学协会、新工科教育国际联盟、中国高校行星科学联盟、长三角研究型大学联盟、学位授权自主审核单位成员。入选国家“211工程”、“985工程”建设序列、“珠峰计划”、“强基计划”、“111计划”、“2011计划”。
2、东南大学
东南大学（Southeast University），简称“东大”，位于南京。是国家教育部直属并与江苏省共建的全国重点大学，是国家“985工程”和“211工程”重点建设大学之一，“三全育人”综合改革试点高校，全国深化创新创业教育改革示范高校。入选“2011计划”、“111计划”、卓越工程师教育培养计划、卓越医生教育培养计划、国家大学生创新性实验计划、国家级大学生创新创业训练计划、国家建设高水平大学公派研究生项目。
3、南京航空航天大学
南京航空航天大学（英文名：NANJING UNIVERSITY OF AERonAUTICS AND ASTRONAUTICS，缩写：NUAA），简称南航，位于江苏省南京市。是中华人民共和国工业和信息化部直属的一所具有航空航天民航特色、以理工类为主的综合性大学全国重点大学；是国家“世界一流学科建设高校”，“211工程”、“985工程优势学科创新平台”重点建设高校。
南京所有大学排名如下
1、第一梯队。
南京大学、东南大学。
这2所大学为“985”、“211”大学，且为“双一流”大学建设之世界一流大学建设A类高校。
2、第二梯队。
南京航空航天大学、南京理工大学、河海大学、南京师范大学、南京农业大学、中国药科大学。
这些大学为“211”大学，且为“双一流”大学建设之世界一流学科建设高校。
3、第三梯队。
南京中医药大学、南京医科大学、南京邮电大学、南京信息工程大学、南京林业大学。
这些大学是“双一流”大学建设之世界一流学科建设高校。
4、第四梯队。
南京财经大学、南京审计大学、南京工业大学。
部分学校简介：
1、南京大学。
南京大学（Nanjing University），简称“南大“，是中华人民共和国教育部直属的综合性全国重点大学，位列世界一流大学建设高校（A类）、
“211工程”、“985工程”，是九校联盟、中国大学校长联谊会、东亚研究型大学协会、新工科教育国际联盟、中国高校行星科学联盟、长三角研究型大学联盟成员。
2、东南大学。
东南大学（Southeast University）简称“东大”，位于江苏省会南京，是中华人民共和国教育部直属、中央直管副部级建制的全国重点大学，
建筑老八校及原四大工学院之一，国家首批双一流（A类）、“211工程”、“985工程”重点建设高校，入选“2011计划”、“111计划”、长三角高校合作联盟成员，教育部与江苏省、国家国防科技工业局共建。
第一档：南京大学作为我国高校的名片之一，实力强横，和复旦、上海交大、中科大和浙大并称华东五校，这五所大学的录取分数仅次于北大和清华。南京大学的办学历史可以追溯到1902年的三江师范学堂，现南大的主体部分来自于1928年成立的国立中央大学。
第二档：东南大学跟南京大学同根同源，只是东南是在国立中央大学工学院的基础上并合并了复旦大学、交通大学、浙江大学、金陵大学等校的有关系、科组建而得，是当时国内有名的四大工学院之一的南京工学院。
第三档：南京农业大学、河海大学、南京理工大学、南京师范大学、南京航空航天大学、中国药科大学，它们实力出众，各有千秋。
第四档：为两所“双一流”学科南京林业大学、南京信息工程大学，以及六所实力出众的普通大学南京工业大学、南京邮电大学、南京医科大学、南京中医药大学、南京财经大学、南京审计大学。
第五档：则为9所公办本科高校，它们分别是：江苏警官学院、南京体育学院、南京艺术学、南京工程学院院、南京晓庄学院、南京特殊教育师范学院、南京森林警察学院、金陵科技学院、江苏第二师范学院。
第六档：则为9所民办本科高校，它们分别是：东南大学成贤学院、南京理工大学紫金学院、南京航空航天大学金城学院、中国传媒大学南广学院、南京工业大学浦江学院、南京师范大学中北学院、南京信息工程大学滨江学院、南京审计大学金审学院、南京大学金陵学院。
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