没有太大区别。
但是一些民办学校会在毕业证上多一个盖章。也就是说，公办和民办毕业证都是教育部统一发放毕业证，是国家认可的文凭和学历，在网上能查到。除此之外，民办本科与公办本科在经费、生源、学费、教学等方面有所差异。
民办本科和公办本科的区别
1、组织者不一样
公办本科院校一般是由国家或者集体举办的高等院校，而民办本科院校则是由国家机构以外的个人或者社会组织举办的高等院校。
2、学费上有很大的不同
公办本科最主要的目的，就是培养优秀人才，教育经费都由国家或者地方支出，学费上比较统一不会太贵，艺术类专业可能会稍贵一些。
而民办本科除了培养人才外，还以盈利为目的，毕竟学校所有支出都是自己掏钱，想要学校能够办得下去，也是需要经费的，所以一般学费会比较昂贵。
3、生源质量和社会认可度有所不同
公办本科院校的社会认可度高，所以高考考生更倾向于优先报考公办大学，而民办本科院校的社会认可度更低，报考的考生也会更少。
4、办学性质不同
民办本科和公办本科存在办学性质不一样，学历证书都统一由国家教育部颁发，学校无权颁发学历证书，其本科毕业证和学士学位证书都可以在教育部网站查实。
5、组织不同
公办大学，是指由国家举办的学校，其办学经费全部来自国家财政拨款。而民办高校是指企业事业组织、社会团体及其他社会组织和公民个人利用非国家财政性教育经费，面向社会举办高等学校。
醉学网-民办本科学校
民办本科的社会认可度肯定是不如公办本科的，民办的本科，大部分是三本院校，好一些的是二本院校。因为民办本科和公办本科存在办学性质不一样，学历证书都统一由国家教育部颁发，学校无权颁发学历证书，而民办本科的本科学历基本属于自考学历，所以，公办本科学历的含金量确实要高于民办本科的。其次，公办院校与民办的区别还在于师资上面的不同，公办院校的师资一般要比民办的好，公办大学的师资待遇与民办大学的自主招聘有很大区别，这也导致了公办大学在吸引优秀师资这方面占据了主导优势。这也是导致多数人不认可民办大学的原因，因为师资力量是评判一所大学教学水平的重要因素。
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