如果单指纯粹的民办高校，总体感觉独立学院应更好一些：
一是独立学院虽然不享受财政拨款，但也是公办高校自筹经费办学，经费保障渠道要多一点；二是独立学院都有依托高校，可以依托母体学校的成熟办学和管理经验，有成熟的教材和教学体系可借鉴，甚至可以利用母体学校的教师资源；三是从学生出路看，考研的话，至少报考母体学校不会受歧视，而且有可能得到一定照顾。
当然，这是从整体而言的，部分民办高校也有好于很多独立学院的情况。
独立院校好。
独立学院，是指实施本科以上学历教育的普通高等学校与国家机构以外的社会组织或者个人合作，利用非国家财政性经费举办的实施本科学历教育的高等学校。
独立学院是民办高等教育的重要组成部分，属于公益性事业，依法享有民办教育促进法、民办教育促进法实施条例规定的各项奖励与扶持政策。国务院教育行政部门负责全国独立学院的统筹规划、综合协调和宏观管理。省、自治区、直辖市人民政府教育行政部门主管本行政区域内的独立学院工作，依法履行职责。
2008年，教育部发布《独立学院设置与管理办法》，要求独立学院在5年内完成独立设置。2020年5月18日，教育部办公厅发布了《关于加快推进独立学院转设工作的实施方案》，2020年12月31日前，各独立学院全部制定转设工作方案，同时推动一批独立学院实现转设。原则上，中央部属高校、部省合作共建高校举办的独立学院要率先完成转设，其他独立学院要尽早完成转设。
以上内容参考 百度百科——独立院校
独立院校比较好。
一、办学类型不同
独立学院是本科，而民办学院是本科、专科都有。独立学院是按照教育部行政规章设立的，而民办学院是按照民办教育促进法设立的。
二、毕业证书不同
民办学院有自己的校名、组织机构、师资力量和自己独立颁发的毕业证书。但是独立学院一般都是在某个大学名下设立的。可能会和挂名大学在同一个校园，也可能在师资量方面有共享，这是民办学院没有的优势。
独立学院毕业时，如果成绩好的学生可以推荐使用挂名院校的毕业证书，但是毕业证书上可能会略有差别。但是民办学院会有自己的毕业证书。
三、学费不同
独立学院因为不是公办院校，所以一般学费都会比较贵，基本学费都在一万以上，独立院校大多是在本科三批招生，但是现在在很多省市都合并到本科二批招生了。同类型专业里面，公办学院的学费是最低的，民办和独立院校的学费都比较高，大约是公办高校的2~3倍。
以上内容参考：百度百科-独立院校
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