二本中外合作办学更好一些，他们都各有利弊。
中外合作办学指外国法人组织、个人以及有关国际组织同中国具有法人资格的教育机构及其他社会组织，在中国境内合作举办以中国公民为主要对象的教育机构，实施教育、教学的活动。
许多教育专家都认为中外合作办学项目把关不严，教育部虽然有着严格的审核制度，但许多国内院校和培训公司为了自身的经济利益都和国外一些三流甚至不正规的大学开展合作办学，严重影响了合作办学的整体教学质量和声誉。
三本报考注意要点
因招生批次为每个省自定，且是涵盖所有在该省市招生的普通高等学校的，加之地方偏袒等原因，招生批次并无法真实展示学校实力，但部分读者会单纯的认为一本一定比二本好；国家支持全国所有省份尽快取消所有批次。
由于各省政策关系，一个学校在不同省市招生批次并不一致，且很多学校在同一个省市会出现在多个批次同时进行录取的问题。各个普通高等学校的批次请登录学校官网查询。
以上内容参考：
百度百科-中外合作办学
百度百科-普通高等学校招生全国统一考试招生录取批次
有区别的： 性质上：校企合作本科一般为三本，属于全日制序列；自考属于国民教育系列，属于成人教育系列： 费用上，校企本科为三本院校，费用基本上是9000每年起步；自考的话，费用较低，正常考试的话你只需缴纳所考科目每个科目15元左右的考试。
学校的校企合作和上普通本科比较为：校企合作授课虽然限定了就业方向，但授课更有专业性、能够接受实际培训。
一、就业方向
1、学校的校企合作：学校的校企合作的就业方向限定，指定到合作的企业进行就业，不能擅自更改就业协议。
2、上普通本科：上普通本科的就业方向不限定，可以有毕业生自行寻找适合的工作，签约就业协议。
二、授课专业性
1、学校的校企合作：学校的校企合作的授课为合作的企业指派具有教学经验的技术人员到学校进行授课。授课更有专业性。
2、上普通本科：上普通本科的授课是有学校的专业课教师进行教学。授课更缺乏专业性。
三、实际培训
1、学校的校企合作：学校的校企合作在教学过程中，会安排学生到合作的企业劳动或接受实际培训。
2、上普通本科：上普通本科学生全学期、全学季都在学校上课，无法接受实际培训
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