区别如下：
1、性质不同：民办高校是按照民办教育促进法设立的，而独立学院是教育部行政规章设立的。独立学院一定是本科，而民办高校专本科都有。公立学校是由*财政拨款。
2、特点不同：独立学院的举办方一定是普通高校，合作方是社会力量，而民办则只有社会力量作为举办者，这是区分两者的最简单的一点。公立学校的数量和办学规模都远远超过私立学校。
3、优势不同：独立学院通常设在某个大学名下，这些学院，可能和挂名的大学同在一个校园，也可能有师资等方面的共享和交流，而民办学院没有这方面的优势。公立高中申请程序并不复杂。新生一般秋季入学。
以上内容参考 百度百科-独立院校 、 百度百科-民办高校
具体要看学校和自己的选择。
因为独立院校和民办院校总体来说大差不离，只是独立院校挂着知名大学的头衔，名气比较响。具体还是要看学校的评价以及专业的选择，还有就是学校所在的城市选择。独立学院因为不是公办院校，所以一般学费都会比较贵，基本学费都在一万以上。
独立院校大多是在本科三批招生，但是现在在很多省市都合并到本科二批招生了。同类型专业里面，公办学院的学费是最低的，民办和独立院校的学费都比较高，大约是公办高校的2~3倍。
独立学院和民办本科的区别
一、办学类型不同
独立学院是本科，而民办学院是本科、专科都有。独立学院是按照教育部行政规章设立的，而民办学院是按照民办教育促进法设立的。
二、毕业证书不同
民办学院有自己的校名、组织机构、师资力量和自己独立颁发的毕业证书。但是独立学院一般都是在某个大学名下设立的。可能会和挂名大学在同一个校园，也可能在师资量方面有共享，这是民办学院没有的优势。
独立学院毕业时，如果成绩好的学生可以推荐使用挂名院校的毕业证书，但是毕业证书上可能会略有差别。但是民办学院会有自己的毕业证书。
三本民办和独立院校哪个好？2020年的高考马上来临，对于高考成绩不是很理想的考生来说，二本考不上，专科又不想去，于是大家就把希望寄托在三本上。但是本科三批中的院校很复杂，很多考生和家长不了解其中的区别，有时被忽悠。在这儿我先普及一下什么是三本中的独立学院？什么是三本中的民办大学？
独立学院，是由普通本科高校（申请者）与社会力量（合独立学院作者，包括企业、事业单位，社会团体或个人和其他有合作能力的机构）合作举办的进行本科层次教育的高等教育机构，是按照新的机制和模式举办的本科层次的二级学院，是民办高等教育的重要组成部分，属于公益性事业，依法享有民办教育促进法、民办教育促进法实施条例规定的各项奖励与扶持政策。
民办本科是指国家机构以外的社会组织或者个人，利用非国家财政性经费，面向社会依法举办的本科高校或其他教育机构其办学层次是本科。民办本科，包括转设的独立学院、部分中外合作高校的本科专业、民办普通本科高校。
民办大学和独立学院的区别
1、办学主体
独立学院的举办方是普通高校与社会合作办学， 因此独立学院一般是设在某个大学的名下，这些学院，可能和挂名的大学同在一个校园，也可能有师资等方面的共享和交流。
不过独立学院依然实施相对独立的教学组织和管理，独立进行招生，独立颁发学历证书，独立进行财务核算，具有独立法人资格，能独立承担民事责任。需要注意的是，有一些独立学院和母体没有多大联系。
民办大学则有自己的校名，自己组织机构，自己的师资，自己的校园，自己独立颁发毕业证书。
2、办学层次
独立学院是指实施本科以上学历教育的普通高等学校与国家机构以外的社会组织或者个人合伙创立，因此独立学院一定是本科，而民办高校中专本科都有。
3、学历证书
独立学院和民办院校的毕业生都可以获得国家承认的学历证书，毕业证书可以在中国高等教育学生信息网上查询。但独立学院毕业证书上加盖的是某某大学某某学院印章，而学校本部学生的毕业证书只盖有学校校名印章。民办大学的毕业证加印的就是学校校名的印章。
4、学费不同
家长更关心的一个区别就是学费不同。民办高校学费很高，独立学院学费相对于一级学院要高，但是比民办高校低很多。
5、毕业后社会认可度一样
总之，三本并不完全等同于民办，民办也不完全只有三本。不管是报考独立学院还是民办大学都要根据自己的实际情况选择，适合自己的就是最好的。但是考生在选报时需要进行严格的考察，一定要擦亮眼睛，认真了解拟报考的院校，尤其是省外的民办高校，可别上了野鸡大学得当。
三本既是独立院校也是民办院校。 三本院校的性质 独立性：独立学院有独立的校园和基本办学设施，实施相对独立的教学组织和管理，独立进行招生，独立颁发学历证书，独立进行财务核算，应具有独立法人资格，能独立承担民事责任。独立学院还按国家有关教育事业统计工作的规定，独立填报《高等教育基层统计报表》。在性质上是一所完全独立的院校，与所属的大学关系并不大。 民办性：独立学院与大学内部学院的重要区别还在于其完全的民办性，独立学院由于其独立性，其经费来源不是来自国家拨款而是由学院的举办方通过各种方式筹集得到，在经费、学费和其他一些相关的管理上也都是按照民办大学的方式进行管理。
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