如果单指纯粹的民办高校，总体感觉独立学院应更好一些：
一是独立学院虽然不享受财政拨款，但也是公办高校自筹经费办学，经费保障渠道要多一点；二是独立学院都有依托高校，可以依托母体学校的成熟办学和管理经验，有成熟的教材和教学体系可借鉴，甚至可以利用母体学校的教师资源；三是从学生出路看，考研的话，至少报考母体学校不会受歧视，而且有可能得到一定照顾。
当然，这是从整体而言的，部分民办高校也有好于很多独立学院的情况。
民办好还是独立院校好如下
如果想继续学习，选择独立学院是比较好，如果是考虑初次就业，可以选择民办大学。
分析如下：
独立学院是本科，而民办学院是本科、专科都有。独立学院是按照教育部行政规章设立的，而民办学院是按照民办教育促进法设立的。
民办学院有自己的校名、组织机构、师资力量、校园和自己独立颁发的毕业证书。但是独立学院一般都是在某个大学名下设立的。可能会和挂名大学在同一个校园，也可能会在师资力量方面共享，这是民办学院没有的优势。
另外，独立学院和民办学院都是属于民办性质，学费标准差不多，开设的专业也都是比较热门的专业，录取分数方面也都是互有长短，所以，很多学生都不知道选择哪一个比较好。所以独立学院和民办学院各有各的优势和特点。
独立院校比较好。
一、办学类型不同
独立学院是本科，而民办学院是本科、专科都有。独立学院是按照教育部行政规章设立的，而民办学院是按照民办教育促进法设立的。
二、毕业证书不同
民办学院有自己的校名、组织机构、师资力量和自己独立颁发的毕业证书。但是独立学院一般都是在某个大学名下设立的。可能会和挂名大学在同一个校园，也可能在师资量方面有共享，这是民办学院没有的优势。
独立学院毕业时，如果成绩好的学生可以推荐使用挂名院校的毕业证书，但是毕业证书上可能会略有差别。但是民办学院会有自己的毕业证书。
三、学费不同
独立学院因为不是公办院校，所以一般学费都会比较贵，基本学费都在一万以上，独立院校大多是在本科三批招生，但是现在在很多省市都合并到本科二批招生了。同类型专业里面，公办学院的学费是最低的，民办和独立院校的学费都比较高，大约是公办高校的2~3倍。
以上内容参考：百度百科-独立院校
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