有区别的，区别主要如下：
一、发起机构不同
军队文职考试是由国家及各省部队发布；公务员考试是由中组部和人事部，省、市委组织部和人事厅，各用人单位上报岗位需求。
二、选拔程序
军队文职考试选拔采取本人自愿报名考试考核相结合的办法；公务员录用考试采取笔试和面试的方式进行，不需要院校党组织推荐。
三、面试考试组织方式不同
军队文职面试与工作要求和工作环境密切相关。比如讲师岗位需要进行试讲，护理岗位需要进行现场实习；公务员面试主要是开放式的问题。如果他们能证明自己是正当的，大多数人都能得到高分。一般来说，没有实际问题。
一般来说，政府文职战略支援和高校的待遇都比较好，但是具体情况还要看政府文职战略支援和高校的具体情况。政府文职战略支援的待遇比较好，一般来说，政府部门会提供良好的工作环境和待遇，这样可以给员工提供更多的发展空间。而高校的待遇也相对比较好，一般来说，高校会提供良好的福利待遇，比如说，教师的薪资水平比较高，同时也会提供一些社会保障，如住房补贴、医疗保险等。
女博士的话一般去高校任教会更好，可能去军校文职的话就相当于公务员性质，但是在高校工作的话。可能会更加擅长，因为女博士毕业后，在高校工作一般都是教学和科研两方面的工作。并且可以继续在科研方面深造，有利于之后的发展。
薪资，考试内容，竞争压力都区别很大的。
文职笔试要考《公基》和《行测》，专业科目则是根据岗位以及考生专业来考察。而公务员笔试大部分岗位只考《行测》和《申论》。从笔试考试上来说军队文职因为需要考专业科目，所以需要大家对于自身所学的专业有一定的掌握，而公务员考试大部分情况下只需要学好公共科目就行，专业不重要。
从工资待遇来看，军队文职人员转正工资基本在8000+，全国都统一。而公务员工资待遇各地差异大，城乡镇差别较大，好多省份基层公务员工资在每月2000-3000元左右。从待遇来看，军队文职:六险一金,享医疗补助,免费医疗，且子女还可就近入托入学。公务员:五险一金，医保报销不是全报，其他补贴。总体来看，文职待遇更好。
文职的竞争压力要比公务员小一些，军队文职并不属于行政编或事业编，而是属于军人编制，达到任职年限条件，且年度考核合格的文职人员才能获得晋升的机会，尤其是那些工作能力突出的干部，在晋升方面有很多的优势。
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