各有各的优势，公办学校的主导地位、办学实力、教学质量、全面发展、公益普惠性等是民办学校无法相比的，（但与少数民办名校有差异）但体制、机制不够灵活、缺乏激励也是现实。
民办学校大都具有体制机制灵活、管理严格精细、收费较高、重视学生成绩，部分学校优质生源聚集、教学成绩高等优势，但也有部分民办学校的师资管理质量并不好。家长选择，要从家庭条件、孩子实际出发，建议要冷静、慎重、全面综合考量，切不可盲目跟风、相互攀比。
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在城市内、县域内所有民办学校中办学、管理、师资、生源、质量也存在较大差异。一些区域内的民办学校师资强、生源优、管理严、质量高、信誉好，甚至有的已超过区域内原来公办的名牌老校。
大部分民办学校，其师资、生源、管理、质量等处于一般状态，特别是教学质量，有的还不如公办学校，与一般公办学校相差无几。有相当一部分民办学校其教学质量根本不如公办学校，只是采取了一些手段，人为宣传，误导了一些家长而已。
每年高考结束后，院校的选择与志愿的填报，又成为了每年的考生面临最重要的问题。常言道选择大于努力，一个正确的选择，或能让我们在成功的路上事半功倍，反之则会失倍功半。高考填志愿时，是选择985大学举办的独立学院，还是选择普通公办本科，成了很多考生选择院校填志愿时纠结的问题。大多数情况下是普通公立本科比较好，但这不妨碍有个别的985大学独立学院也是很突出的。
要想知道哪种学校更好，首先我们要明白这些都是是什么学校。独立学院从名字中所带的“独立”二字中可以了解到，这些学校与普通的公办本科不一样。他们不同于大学中普通的二等学院，而这其中大多数独立学院的性质，其实是相当于一个企业在外面的独立单位或组织。他们往往有着企业的名头，也用着企业的资源，但并不完全隶属于这个企业。但是我国还是有少部分独立学院的主办方是他的公办学校，但是大多数的独立学院都是民营性质的民办大学。
普通公办本科属于我国高考改革过程中，我国各个省份的录取批次。独立学院都在本科分批招录的第三批招生，通常二本的录取分数普遍高于三本。而大多数的公办本科都是属于本科一批或本科二批。通常一本招生的本科院校算是比较出色的，但是二本招生院校也是很不错的，这些在他们的录取分数上都是可以有所体现的。
虽然录取分数不能说明学校环境学校质量，那也能从侧面反映出新生的水平，学校整体的学习氛围，文化氛围以及学生的整体认知，独立学院的，有优势就在于，独立学院可以依托于母校的教育资源，独立学院的起点要相对较高，这可能就是独立学院的优势所在。
各有各的优势，现在已经有部分实力较强的民办高校取得了硕士研究生招生资格。还有一些独立学院的录取分数也超过了公办院校，例如：燕山大学里仁学院、厦门大学嘉庚学院、集美大学诚毅学院等。
很多考生、家长认为独立学院最起码有公办学校的背景，师资、管理要比纯民办的要好。以前可以这么认为，但是现在真的不行了，很多独立学院只是有一个公办院校的牌子，师资是自己招聘的。
很多民办院校的录取分数比公布院校并不低，甚至还要高。很多公办的老二本学校，因为地理位置不够好，或者开设专业不够热门，在各省合并本二、本三录取批次后，分数线已经有所下降。
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不管报考独立学院还是民办高校都需要进行严格的考察，了解学校办学设施和教学环境；是否获得教育部办学批准；学校特色专业及往年就业率；学费是否在承受范围内等方面做深入调查。
报考独立、民办高校报考要先知虚实，包括：查看所要报读的学校是否具备所在地办学资格审批文件、毕业后取得的文凭的类型、是否符合教育部正式的办学标准……考生可通过电话、网站、招生简章等方式获得信息，从而做出判断。
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