哈尔滨工程大学目前设有16个院系。其重点学科为：船舶与海洋结构物设计制造、水声工程、轮机工程。
共有56个专业。重点专业：船舶与海洋工程、核科学与技术、计算机科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、仪器科学与技术、机械工程、材料科学与工程、动力工程及工程热物理、力学、光学工程、管理科学与工程。
学院设置具体如下：
哈尔滨工程大学在教育部第四轮学科评估中获A+等级学科只有1个，是船舶与海洋工程专业，所以最好的专业是船舶与海洋工程专业。
培养目标：船舶与海洋工程专业培养具备现代船舶与海洋工程设计、研究、建造的基本技能和管理基础知识、计算机编程及应用能力，能在船舶与海洋结构物设计、研究、制造、检验、使用和管理等部门从事技术和管理方面工作的船舶与海洋工程学科高级工程技术人员。
就业方向：船舶与海洋工程专业学生毕业后可毕业后可签约到船舶与海洋工程设计研究单位、海事局、国内外船级社、船舶公司、船厂、海洋石油单位、高等院校、船舶运输管理、船舶贸易与经营、海关、海上保险和海事仲裁等部门；
从事船舶与海洋结构物设计、研究、制造、检验、使用和管理等工作，也可到相近行业和信息产业有关单位就业。
其他特色专业
工业和信息化部重点专业（4个）：工业设计、测控技术与仪器、物联网工程、信息对抗技术。
省级一流本科专业建设点（5个）：工程力学、测控技术与仪器、通信工程、港口航道与海岸工程、核化工与核燃料工程。
国防特色紧缺专业（6个）：质量与可靠性工程、保密与信息安全工程、核反应堆工程、核技术、辐射防护与环境工程、水声工程。
百度百科——哈尔滨工程大学
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