南京共计51所大学,其中本科学校34所(其中民办大学8所),专科学校17所(其中民办专科院校5所),比较好的大学有南京大学、东南大学、南京航空航天大学、南京理工大学、河海大学、中国药科大学、南京师范大学、南京农业大学等。
南京市目前共有13所大学是“双一流”建设高校，其中南京大学、东南大学是当地最有名的2所大学，都是原985名校。南理、南师、河海、南农、南航、中国药大都是原211名校，都有A类学科，在我国众多原211大学中都属于实力比较强的。
南医、南林、南中医、南邮、南信大5校虽未曾进入211工程建设，但都有比较出色的学科，在“双一流”建设中均入选“世界一流学科建设”高校，也都蛮有实力的。
尤其南医是我国有A+学科的医科名校，学校医科实力在国内高校中可居第15左右，很多专业录取分相对来说还是比较高的。学校2022年在浙江一段有17个招生专业，最低投档分虽只有604分（护理学），但有13个专业投档分达到了633及以上，口腔医学(5+3一体化)投档分甚至达到了662分。
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