没有区别。1999年，为深化高等教育改革，教育部在部分省、市试行招收高等职业技术教育学生。2000年开始，高校的专科教育与高等职业技术教育统称“高职高专”，专科教育改革主要的方向就是高职，人才培养的目标是一致的，都是以培养学生的专业动手能力为主，强调实用性、应用性。目前的高等职业技术教育主要属于普通专科层次的教育，毕业文凭都是国家承认的专科学历文凭。
高等专科学校现在主要是两种类型：医学高等专科学校、师范高等专科学校。
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