1、合作对象
两者均为国内高校和他人合作办学，但中外合作的对象主要为国外高校（顶尖高校的合作对象均为一些国际高水平院校）；而独立学院一般为社会组织和个人，如吉林大学珠海学院（全国第一独立学院）就是由吉林大学和珠海市人民*共建的一所学校。
2、教学建设
目前我国部分顶尖的中外合作办学除了专业水平高以外，教学模式、学位学制、硬件设施等也均达到国际一流水平及以上。这方面，国内的独立学院与其相比，仍有所差距。
3、就业前景
大多中外合作办学高校毕业生由于学校国际交流更频繁，已就业学生的就业质量一般较高；而我国一些顶尖独立学院则拥有者相当可观的就业率，如云南师范大学商学院近几年就业率就高达98%以上。
4、留学深造
在留学深造方面，由于两类高校的“东家”有所不同。所以，一般中外合作高校都占据天然优势。而一些好的独立学院虽然国际合作也较频繁，但终究还是稍显劣势。
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