国防大学的研究生主要是培养参谋也就是军事指挥人才，毕业后主要分配到作战部队机关
军事科学院的研究生主要是培养军事理论人才，毕业后主要分配到科研机关院校
哪个好一些、确切说适合自己，就看楼主的了
此外需要指出，无论国防大学还是军事科学院，研究生招生都只面向军内，地方普通公民没有资格报考，除非象mao xinyu那样
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