闽江学院内部设置有多个院校（系），如新华都商学院、经济管理学院、海洋学院、新闻传播学院等15个二级学院。具体的列举部分如下：
1、经济与管理学院。 该经济与管理学院所设置分别有国际经济与贸易专业、税收学专业、国际商务专业、财务管理专业、电子商务专业、物流工程专业、旅游管理专业、酒店管理专业、会展经济与管理专业。
2、海洋学院。 该海洋学院所设置分别有应用化学、高分子材料与工程、制药工程、自然地理与资源环境、人文地理与城乡规划、海洋资源与环境、地理信息科学、测绘工程、导航工程等多个专业。
3、物理与电子信息工程学院。 该物理与电子信息工程学院所设置分别有物理学（师范类）专业、电子科学与技术专业、电子信息工程专业、机械电子工程专业。
4、人文学院。 该人文学院所设置分别有汉语言文学（师范）专业、汉语言文学专业、汉语国际教育专业、历史学专业、文物与博物馆学专业。
5、计算机与控制工程学院。 该计算机与控制工程学院所设置分别有计算机科学与技术专业、通信工程专业、软件工程专业、电气工程及其自动化专业、信息安全专业。
以上内容参考 百度百科-闽江学院
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