1、含义不同：
独立学院指实施本科以上学历教育的普通高等学校与国家机构以外的社会组织或者个人合作，利用非国家财政性经费举办的实施本科学历教育的高等学校。
专科学院指按照国家规定的设置标准和审批程序批准举办的，通过全国普通高等学校统一招生考试，招收高中毕业生为主要培养对象，实施高等教育的全日制大学、独立设置的学院和高等专科学校、高等职业学校和其他机构。
2、性质不同：
独立学院是民办高等教育的重要组成部分，属于公益性事业。
专科学院其中大学、独立设置的学院主要实施本科层次以上教育；高等专科学校、高等职业学校实施专科层次教育；其他机构是承担国家普通招生计划任务不计校数的机构。
被普通高等学校录取的学生叫“统招生”，统招生是指通过参加由教育部组织的普通高等学校招生全国统一考试等正规化考试并被录取，毕业后由教育部颁发认证文凭的考生。
独立学院主要特征：
1、一律采用民办机制所需经费投入及其它相关支出，均由合作方承担或以民办机制共同筹措，学生收费标准也按国家有关民办高校招生收费政策制定。
2．实行新的办学模式重点是突出一个“独”字。独立学院应具有独立的校园和基本办学设施，实施相对独立的教学组织和管理，独立进行招生，独立颁发学历证书，独立进行财务核算，应具有独立法人资格，能独立承担民事责任。
3．实行新的管理体制独立学院的管理制度和办法由申请者和合作者共同商定。
以上内容参考： 百度百科-独立学院
以上内容参考： 百度百科-专科学院
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