截至2019年3月，厦门大学设有研究生院、6个学部以及29个学院和15个研究院。
厦门大学专业设置如下：
人文与艺术学部（文学部）：中国语言文学系、历史学系、哲学系、人类学与民族学系、新闻学系、广告学系、传播学系、英语语言文学系、欧洲语言文学系、日本语言文学系、法语语言文学系、美术系、音乐系、设计系、华文系。
社会科学学部（社科学部）：经济学系、统计系、财政系、金融系、国际经济与贸易系、会计学系、企业管理系、管理科学系、旅游系、工商管理教育中心、高级经理教育中心、财务学系、市场学系、厦门大学法律硕士教育中心、会计硕士专业学位联合教育中心、物流与项目管理工程硕士教育中心、政治学系、公共管理系、社会学系、公共管理教育中心、教育学公共教学部、教师教育部。
自然科学学部（理学部）：物理学系、电子科学系、天文学系、数学与应用数学系、信息与计算数学系、概率与数理统计系、化学系、化学工程与生物工程系、化学生物学系。
工程技术学部（工学部）：物理学系、电子科学系、天文学系、化学系、化学工程与生物工程系、化学生物学系、计算机科学系、智能科学与技术系、通信工程系、网络空间安全系、材料科学与工程系、生物材料系、建筑系、土木工程系、城市规划系、飞行器系、动力工程系、机电工程系、仪器与电气系、自动化系、电子科学系、电子工程系。
医学与生命科学学部（医学部）：生物学系、生物化学与生物技术系、生物医学科学系、农业生物技术系、药学系、临床医学系、中医学系、护理学系、眼视光系。
地球科学与技术学部（地学部）：海洋生物科学与技术系、海洋化学与地球化学系、物理海洋学系、应用海洋物理与工程系、地质海洋学系、环境科学系、生态学系、环境与生态工程系。
人文与艺术学部（文学部）
人文学院
新闻传播学院
外文学院
艺术学院
国学研究院
海外教育学院
国际学院
社会科学学部（社科学部）
经济学院
王亚南经济研究院
管理学院
财务管理与会计研究院
法学院
厦门国际法高等研究院
知识产权研究院
公共事务学院
公共政策研究院
马克思主义学院
国际关系学院
教育研究院
台湾研究院
南洋研究院
海峡两岸发展研究院
体育教学部
继续教育学院
南海研究院
两岸关系和平发展协同创新中心
高等教育质量建设协同创新中心
自然科学学部（理学部）
数学科学学院
物理科学与技术学院（理学部分）
化学化工学院（理学部分）
固体表面物理化学国家重点实验室
能源材料化学协同创新中心
工程技术学部（工学部）
物理科学与技术学院（工学部分）
化学化工学院（工学部分）
信息科学与技术学院
软件学院
材料学院
建筑与土木工程学院
能源学院
萨本栋微米纳米科学技术研究院
醇醚酯化工清洁生产国家工程实验室
厦门大学生物仿生及软物质研究院
航空航天学院
医学与生命科学学部（医学部）
生命科学学院
公共卫生学院
药学院
医学院
细胞应激生物学国家重点实验室
分子疫苗学和分子诊断学国家重点实验室
国家传染病诊断试剂与疫苗工程技术研究中心
生物医学研究院
附属中山医院
附属第一医院
附属东南医院
附属东方医院
附属厦门眼科中心
附属成功医院
附属福州二院
附属翔安医院（附属医院筹备组）
厦大实验动物中心
细胞生物学协同创新中心
地球科学与技术学部（地学部）
海洋与地球学院
环境与生态学院
海洋与海岸带发展研究院
近海海洋环境科学国家重点实验室
厦门大学四大王牌专业有
1、会计学：厦门大学会计学系一直致力于教育改革与师资力量的建设，现形成了一支具有博士（占全系教师94%）、硕士学位的教授、副教授、助理教授组成的实力雄厚的学术梯队，80%以上的教师具有在国外著名大学访问学习的经历。目前，全系拥有教授19名，副教授13名，其中博士生导师9名。
2、财政学：
厦门大学的财政学专业是国家重点一级学科，是国内一流的，财政系设有财政学（含税务）、公共经济学、资产评估、劳动经济学、网络经济学和法律经济学六个博士点和六个硕士点。师资力量雄厚、学术梯队健全，老一辈的学术带头人邓子基教授是我国著名的财政经济学家也在其中。
3、金融学：
厦门大学金融学专业在国内绝对是一流，这个是毋庸置疑的，在金融学国家重点学科评选中，厦门大学与中国人民大学，西南财经大学，复旦大学，中央财经大学，北京大学成为第一批入选的＇高校，就凭这一点就足以证明厦门大学的金融学实力有多强。
4、工商管理：
2007年，厦门大学工商管理学科被教育部评为全国首批五个“一级学科国家重点学科”之一，每年的录取分数都很高，不怕就业，就怕你进不去。厦门大学的工商管理专业，在全国开设本专业的406所大学中排第8名。
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