根据南京审计大学发布的2020年招生简章，审计学、会计学、财务管理、工程管理4个专业每学年学费5720元；数学与应用学、统计学专业每学年学费5500元；数据科学与大数据技术、计算机科学与技术、软件工程专业每学年学费5800元；其他普通专业每学年5200元；中外合办的工商管理类专业每学年26000元；中外合办的审计学、金融工程、信息管理与信息系统、工程管理每学年56000元。
| 专业名称 | 每学年费用 |
| 哲学类 | 5200 |
| 经济学 | 5720 |
| 财政学 | 5720 |
| 金融类 | 5720 |
| 经济与贸易 | 5720 |
| 法学类 | 5200 |
| 政治学 | 5200 |
| 社会学 | 5200 |
| 民族学 | 5200 |
| 马克思主义理论学 | 5200 |
| 公安学类 | 5200 |
| 教育学 | 5200 |
| 语言类 | 5200 |
| 新闻学 | 5200 |
| 公共管理 | 5500 |
| 物理学 | 5500 |
| 电子商务 | 5500 |
| 机械类 | 5800 |
| 电子信息类 | 5800 |
| 物流管理与工程类 | 5500 |
| 能源动力类 | 5500 |
| 计算机类 | 5800 |
| 管理科学与工程类 | 5500 |
| 中外合办的工商管理类 | 26000 |
| 中外合办的审计学 | 56000 |
| 中外合办的金融工程 | 56000 |
| 中外合办的信息管理与信息系统 | 56000 |
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