莫愁中专开设的专业有药物制剂技术、电脑美术设计、医用电子仪器与维护、动漫设计与制作、管理、机电技术应用、古籍修复、电子与信息技术、电子商务、计算机应用技术、酒店服务与管理、药品质量检测技术、连锁经营、药剂、文物鉴定。
1、学校整体架构了教育、教学、教科研一体化的德育工作体系，建设了全省领先的德育信息平台，实施着独具莫愁特色的“人本德育”管理。学校还被评为南京市数字化示范校园、教育信息化建设、现代化管理颇具特色。
2、学校与企业深度合作、订单培养人才，近几年毕业生就业率一直保持在98 %以上。3、该校秉承"育人为本、成人为先"的管理理念，拥有一支敬业爱生、乐于奉献的班主任队伍。对学生实行严格的半军事化管理，注重学生日常行为规范的养成，学生整体素质高，得到用人单位的普遍认可。4、校园环境优美，设施一流。教室都配备多媒体教学设备，拥有各类实验实训基地12个。
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