北大深圳和北大主要有地理位置、师资队伍和教育层次三方面不同。北京大学深圳研究院是北京大学的一个校区，毕业生的毕业证、就业质量和社会认可度均相同，而且部分专业课程的授课老师也是相同的。
北京大学深圳研究院地处广东深圳，有南国燕园的别称，在深圳发展势头迅猛的背景下，毕业生就业质量不亚于北京大学本部；北京大学地处首都北京，无论是教育、实习还是校友资源都十分丰富。
北京大学深圳研究院现有专任教师242人，院士2人，长江学者3人；北京大学现有专任教师7317人，院士120人，长江学者231人。
北京大学深圳研究院现有硕士研究生教育和博士研究生教育；北京大学既有本科教育，也有硕士研究生教育和博士研究生教育。
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