学制两年研究生和三年的差别有培养方向不同、招生条件不同、招生考试不同、学习方式不同、学习费用不同、文凭颁发不同。学制两年的研究生就是专业型硕士，学制三年的研究生就是学术型硕士。
学制两年研究生主要是为特定的行业培养优秀的实践型人才；而学制三年研究生主要是培养理论性人才，注重培养学生的教学和科研能力。
学制两年研究生要求报考学生必须有一定的工作经验，并且报考人员需要征得所在单位的同意，否则不能报考；而学制三年研究生则没有这些要求。
学制两年研究生每年有两次考试的机会，一次是10月份的联考，另一次是年初的统考，考生可以根据自己的时间安排参加哪次考试。并且这两个考试都是由招生单位自主命题、自主批改试卷的；而学制三年研究生只有年初的统考，统考以外的专业课是由招生单位自主命题的。
学制两年研究生通常是半脱产研究生，学制是2-3年；而学制三年研究生通常是全日制学习研究生，学制是3年。
学制两年研究生的学费通常由学生自己负责，并且各个院校的收费标准不一样，学生要以报考院校的具体规定为准；而学制三年研究生是国家统一拨款资助的，通常不需要学生自己交学费，并且在校期间可以享受奖学金和生活补贴的福利。
学制两年研究生只可以获得学位证书，不可以获得学历证书。但是有一些专业是有例外的，比如工商管理硕士、法律硕士、临床医学硕士，这几个专业可以获得学历证书；而学制三年研究生成绩合格毕业后，都可以获得学历证书和学位证书。
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