学籍清理就是学校会清除学生的在校所有档案，并且不会颁发给学生毕业证，相当于学生没有上过这所学校。学籍清理分为异动学籍清理和问题学籍清理两种，两者导致的结果都是一样的，只是起因不同。
异动学籍清理的原因是因学生在没有书面申请的情况下擅自转学退学，这种情况主要出现在20世纪初左右，如今已经不常见了。由于当时互联网不发达，并未实现全国学籍联网，手机通讯也没有普及到每家每户，所以有很多在外打工的工人子女也随着父母亲工作变动而转学，往往会不办理手续也不留联系信息就走，导致了学籍无效被清理。
问题学籍清理也就是学籍上的信息出现了问题，包括姓名错误、身份证号错误、学籍错误（例如非正常跳级留级等）、使用他人信息注册学籍等等。如果这些问题是入学时发现且不改正，则进行劝退，如果已进入学校就读，则敦促进行更正，如不改正，则会进行问题学籍清理。
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