发酵工程属于生物工程学科，这是一个开放性学科。发酵工程主要是利用现代的一些技术和微生物具有的特定功能，把微生物直接应用到工业制造上，从而解决实际生活中的一些问题。发酵工程的内容主要包括菌种的选育、灭菌、发酵过程等几个方面。
发酵工程的上游工程首先需要选取优良的种株；其次要寻找最适合的发酵条件，适合发酵的条件主要包括合适的ph值、合适的温度、适当的氧气等；最后，准备好营养物就可以了。
发酵工程的中游工程就是具体的操作过程，将前期条件全部准备好了之后，在无菌的环境中进行发酵。
发酵工程的下游工程就是将发酵好的产品进行进一步的提炼，主要包括分离和纯化两个步骤。
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