东南大学设有建筑学、城市规划、机械工程及其自动化、热能与动力工程、信息工程、通信工程、土木工程、工程管理等王牌专业。
国家特色专业建设点（23个）：建筑学、城市规划、机械工程及其自动化、热能与动力工程、信息工程、通信工程、土木工程、工程管理、电子科学与技术、数学与应用数学、自动化、计算机科学与技术、网站工程（网站工程方向）、网站工程（网络工程方向）、生物医学工程、材料科学与工程、电气工程及其自动化、交通工程、道路桥梁与渡河工程、测控技术与仪器、医学影像学
江苏重点建设学科
“双一流”建设学科（11个）：材料科学与工程、电子科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、建筑学、土木工程、交通运输工程、生物医学工程、风景园林学、艺术学理论
一级学科国家重点学科（5个）：电子科学与技术（物理电子学，电路与系统，微电子学与固体电子学，电磁场与微波技术）、信息与通信工程（通信与信息系统，信号与信息处理）、建筑学（建筑历史与理论，建筑设计及其理论，城市规划与设计，建筑技术科学）、交通运输工程（道路与铁道工程，交通信息工程及控制，交通运输规划与管理，载运工具运用工程）、生物医学工程（不分设二级学科）
二级学科重点学科（5个）：艺术学，热能工程，控制理论与控制工程，计算机应用技术，结构工程
国家重点（培育）学科（1个）：机械制造及其自动化
一级学科省重点学科（14个）：哲学、数学、生物学、 统计学、光学工程、仪器科学与技术、环境科学与工程、城乡规划学、风景园林学、网站工程、临床医学、公共卫生与预防医学、管理科学与工程、艺术学理论
东南大学是一所历史悠久、底蕴深厚的大学。学校创建于1902年的三江师范学堂，后历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、国立中央大学等重要发展时期。1952年全国高校院系调整，学校文理等科迁出，以原国立中央大学工学院为主体，先后并入复旦大学、交通大学、浙江大学、金陵大学等校的有关系科，在国立中央大学本部原址建立了南京工学院。
学校设有33个院系，拥有77个本科专业，33个博士学位一级学科授权点，49个硕士学位一级学科授权点，5个国家一级重点学科（涵盖15个二级学科），5个国家二级重点学科，1个国家重点（培育）学科，12个江苏高校优势学科建设工程三期项目立项学科，1个江苏省重点序列学科，17个“十三五”江苏省重点学科，30个博士后科研流动站。
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